Na zastosowanie 50% stawki sankcyjnej dla doszacowanego dochodu pomiędzy podmiotami powiązanymi organ podatkowy ma tylko 3 lata, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Po tym czasie, do momentu upływu 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, może on zastosować jedynie podstawową stawkę wynoszącą 19%. Takie wnioski wynikają z wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 października 2016 r., o sygn. akt II FSK 2288/14. NSA dodatkowo wskazał, że dokumentacja cen transferowych powinna być przygotowywana na bieżąco, a nie tylko na potrzeby kontroli. Jeśli podatnik nie dopełnił tego obowiązku, to dokumentacja może być uznana za „nierzetelną”.